המאטו יושי, מאסטר נינג'ה החי ומתחבא בתעלות הביוב, מאמץ ארבעה צבים רגילים. כשנוזל סגול ומסתורי הופך אותם לצבים גדולים, הם מתלמדים באומנות הנינג'יטסו ומקבלים את שמותיהם - לאונרדו, רפאל, מיכאלנג'לו ודונטלו, והופכים לצבי הנינג'ה. אורוקו סאקי, יריבו הנצחי של יושי, מנסה לחסלו ומחליט לשנות את תדמיתו. תחת מסכת מתכת והשם "שרדר", הוא חובר לשותף בשם קרנג, מוח חייזרי מדבר אשר גורש מביתו במימד איקס אחרי שנוסר מגופו. השניים משתפים פעולה במלחמה מתמשכת נגד מאסטר ספלינטר וצבי הנינג'ה המיומנים שלו.